Ультрафиолет убивает большинство вредных для животных бактерий, вирусов и спор водорослей. Такая стерилизация рекомендуется для профилактики и лечения некоторых болезней, а также для борьбы с водорослями.
Ультрафиолетовые стерилизаторы представляют собой герметичную капсулу с установленной внутри специальной ультрафиолетовой лампой, через которую пропускается вода на выходе из фильтра или между отсеками сампа. Мощность ламп зависит от объёма пропускаемой воды. Ультрафиолетовые лучи не видны, но сами лампы слегка светятся бело-голубым, поэтому можно визуально определить, работает стерилизатор или нет. Лампы достаточно быстро перегорают, одной хватает примерно на 6 месяцев работы.
Ультрафиолетовые лучи плохо распространяются в воде, поэтому для достижения максимального эффекта УФ стерилизаторы обычно устанавливаются на выходе внешнего канистрового фильтра.
Ультрафиолетовые лучи убивают фитопланктон, поэтому в аквариумах с кораллами, актиниями и другими морскими беспозвоночными стерилизатор устанавливается так, чтобы вода из места, где он растёт и размножается — например, рефуджиума или специального инкубатора, не попадала в стерилизатор.